闽江口：总面积约1800 k㎡，前缘水深约15 m，属于亚热带季风气候，位于华南加里东褶皱系东部和浙闽粤中生代火山断折带中段。水温年变化范围13.5～29.6℃，平均为22.3℃。盐度年变化范围20.2‰～22.4‰，平均为21.3‰。河口区有机质和营养盐丰富，外海受闽浙沿岸流影响，水体中生物群类繁多，尤以低盐类为主，其中包含浮游植物207 种，底栖生物289 种，软体动物164 种。常见海洋鱼类250 种，蟹类100 多种，海产贝类达164 种，海藻类149 种。

　　三沙湾与闽东近海：海域总面积4.46 万k㎡，浅海滩涂面积934 k㎡。区域内有岛、礁、沙、滩、岬角、水道、河口共1215 个，大小港湾29 个。其中，三沙湾深水岸线长度居福建省港口之首。属于亚热带海洋性季风气候，水温年变化范围在13.5～29.8℃，平均为23.1℃。盐度年变化范围23.5‰～28.9‰，平均为25.7‰。生物种类繁多，生物资源丰富，是我国珍稀物种中华白海豚的栖息地，是我国著名的大黄鱼产卵场。三沙湾是福建最大的大黄鱼网箱养殖基地，养殖规模、产量及产值居全国第一位。闽东海域有鱼类500 多种，甲壳类60 多种，贝类70 多种，藻类10 多种。